이조전랑 벼슬을 두고 대립하던 사림의 두 붕당 동인과 서인 무리들은 이후 동인이던(서인에서 동안으로 가담한) 정여립의 모반사건으로 동인이 몰락하고 서인의 거두 송강 정철이 정여립 모반사건의 처분을 맡으면서 서인이 집권하게 된다. 이를 기축옥사라 한다.
그러다가 송강 정철이 후계문제로 선조의 노여움을 사서 실각하게 되는데 이로 인하여 다시 서인이 몰락하고 동인이 정권을 잡게 된다.영의정 이산해와 우의정 류성용이 좌의정 정철과 함께 선조에게 광해군을 후계로 세울 것을 건의키로 합의하였다가 변덕 심한 선조의 노여움을 사서 정철이 실각하는데 이산해와 류성용은 선조의 반응이 탐탁치 않자 침묵을 지키지만 곧은 성격의 정철은 홀로 광해군의 세자 책봉을 계속 주장하다가 결국 미움을 받게된 것이다.
이 과정에서 동인은 서인에 대한 처벌을 강경하게 주장하는 북인과 온건한 노선을 견지하는 남인으로 나뉘게 된다.선조 후에 광해군이 왕위에 오르자 북인들이 정권을 잡게 되는데 광해군의 실리외교는 인조 반정과 함께 막을 내리는데 광해군의 지지 세력인 북인도 몰락하게 된다.인조 반정과 함께 정권의 전면에 나선 세력은 서인이다.이로서 주요 붕당은 남인과 서인이 남게 되었다.
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